サイト作成で一番悩むのが「どのようなレイアウトにするか」ということだと思います。
一番簡単なのは、レイアウトがあらかじめ決まっているテンプレート（ホームページ用）を使うことです。
テンプレートは、テンプレート素材集ソフトとして市販されていたり、素材屋さんで配布されています。
※テンプレートといっても、トップページからサブページまで一式フルセットの場合、トップページのみの場合、などなどいろいろあります。
詳しい使い方については、ソフトや配布元に説明が載っていればそちらを参考にしてください。

例えば、素材屋さんで配布されているテンプレートをビルダーで使う際の手順は、こんな感じになると思います。

1. 素材屋さんで配布されているテンプレートをダウンロード、解凍する
   ※圧縮されて配布していることが多いです。そのままでは利用できないので解凍（もしくはフォルダ展開）してHTMLファイルが開けるようにします。
2. ビルダーの編集画面にて、「サイト」→「新規サイトの作成」する
   「既存ページをトップページとして使用」でテンプレートのトップページを選択する
3. ビルダーに「サイト」として認識されれば、あとはそれをビルダーで自分用に編集するだけ

テンプレートのファイルをビルダーで開いて、「テンプレート」→「このページをユーザーテンプレートの追加」してから、「テンプレート」からページを新規作成してももちろんかまいません。
ただその場合、テンプレートで使われている画像や表示に関するスタイルシート（cssファイル）がビルダーに認識されていないと表示がおかしくなることがあります。

以上の方法でやってみると、配布元での見本に比べて表示がおかしくなるなど問題が起こることがあります。
（この原因は、テンプレートに使われているスタイルシートが関連していることが多いです。）
その場合は、以下の点を確認してみてください。

ビルダーのページ編集画面で表示がおかしい

お使いのテンプレートで画像・外部cssファイルが使われている場合は、そのファイルがビルダーのサイトフォルダ内に入っているかどうか確認します。
その後は、プレビュー画面（もしくはブラウザのプレビュー画面）にて表示を確認してください。

プレビュー画面（もしくはブラウザのプレビュー画面）でも表示がおかしい

画像・外部cssファイル関連は前述の通り確認します。
また、ビルダーで勝手にテンプレートのソースが変更されている可能性があります。
「ツール」→「オプション」にてビルダーの設定を確認してください。（参考：ビルダーでの設定）

ビルダーのページ編集画面でおかしく表示されるのは、ビルダーがそれを上手く認識・表示されないからだと思われます。
テーブルレイアウトの場合は崩れはあまりありませんが、スタイルシートのみでレイアウトされている場合、表示がひどくて、ページ編集画面で編集がやりにくい（文字を打つ場所がわかりにくく編集できない）ことがあります。
その場合は、HTMLソース画面に切り替えて編集するか、もしくは、
テンプレートのHTMLファイルのソースを表示させて、テキストエディタ（windowsの「メモ帳」など）で編集すると良いでしょう。

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参考：IBM パーソナル・ソフトウェア・オンラインサポートより
「編集中のページをテンプレートとして登録したい」
「ユーザーテンプレートとして登録したページを利用したい」
IBMは、IBM Corporationの登録商標です（ガイドラインIBMサイトへのリンク）