ビジュアルサイトで「リンクされていないHTMLファイル」欄の該当ファイルの上で右クリック、「転送対象ファイルに追加する」を選択している状態が上の画面です。
「転送対象ファイルに追加する」を確定する（左クリックする）と、転送対象ファイルに追加されて、サイト転送で転送できるようになります。

※HTMLファイル以外（画像ファイル等）はこの方法は使えません。FTPツールなどで個別に転送します。

【備考】

「リンクされていないHTMLファイル」欄に表示されるHTMLファイルとは、
”ビルダーのサイトフォルダ内に存在するけれど、トップページからリンクでたどっていけない”とビルダーに認識されているファイルです。
（「サイト外」や「リンク切れ」、「外部リンク」とはまた異なります。）